El primer ordenador personal con entorno gráfico fue el Xerox Alto, comercializado en 1973 sin ningún éxito. El primer ordenador personal con entorno gráfico con éxito comercial fue el Apple Lisa, comercializado en 1983. Pero la popularización de los entornos gráficos comenzó en 1990, con la publicación de Microsoft Windows 3.0, y se estableció definitivamente en 1995, con la publicación de Microsoft Windows 95.
En los primeros 90 en el mundo Unix aparecieron distintos entornos gráficos que acabaron convergiendo en 1995 en el entorno gráfico CDE (Common Desktop Environment), fruto de la colaboración de Sun, HP, IBM y USL.
En el mundo del software libre, el primer proyecto para crear un entorno gráfico se inció el 14 de octubre de 1996, cuando Matthias Ettrich, entonces estudiante de Informática de la Universidad de Tubinga (Alemania), envió un correo a la lista de correo de.comp.os.linux.misc proponiendo la creación de un entorno gráfico libre, con licencia GPL, basándose en la biblioteca gráfica Qt y que se llamaría KDE (Kool Desktop Environment).
La elección de la biblioteca Qt resultó muy polémica y todavía es causa de agrias discusiones, aunque los motivos que originaron la polémica desaparecieron hace tiempo.
Ettrich eligió la biblioteca Qt por motivos técnicos (le pareció la mejor para su propósito) y legales (la licencia permitía el desarrollo de software libre con ella), pero otras personas no lo veían tan claro. La biblioteca Qt no era un proyecto de software libre, sino un producto de una empresa llamada TrollTech. Esta empresa vendía Qt a otros desarrolladores de software privativo, pero permitía el uso gratuito de Qt para crear software libre (y aunque proporcionaba el código fuente de Qt y permitía su distribución, no permitía modificaciones).
A Ettrich esas condiciones le parecían suficientes, pero muchos consideraron que un entorno libre debía basarse en una biblioteca libre. En agosto de 1997 Miguel de Icaza puso en marcha el proyecto GNOME, otro entorno gráfico libre, pero basado en un biblioteca libre, GTK, distribuida con licencia LGPL. GNOME sí que contaba con las bendiciones de Richard Stallman, fundador del movimiento del software libre y autor de la licencia GPL, y de RedHat, ya entonces la distribución GNU/Linux más importante.
Con el paso de los años, TrollTech ha ido cambiando la licencia de Qt. En 1998, TrollTech se comprometió a que si en algún momento no se permitiera desarrollar gratuitamente software libre con Qt, la versión anterior se liberaría bajo la licencia BSD (licencia libre sin copyleft). En 1999, Qt 2.0 se publicó bajo una licencia libre pero incompatible con la licencia GPL. En 2000, Qt 2.2 se publicó bajo licencia GPL. A partir de entonces las objeciones de Richard Stallman o de distribuciones como Debian desaparecieron. La próxima versión de Qt que se publicará seguramente en 2009, la versión Qt 4.5, se publicará bajo licencia LGPL.
Los dos escritorios libres más utilizados, KDE y GNOME, dan siempre pie a los más furibundos debates en los foros de Internet. ¿Cuál de los dos es mejor o más bonito? ¿Cuál de los dos es más libre, KDE con licencia GPL o GNOME con licencia LGPL? ¿Es mejor publicar versiones a intervalos regulares, como hace GNOME, o cuando está listo, como hace KDE? ¿Es mejor romper la compatibilidad con versiones anteriores, como hace KDE, o conservarla, como hace GNOME? ¿Es mejor que haya un único entorno gráfico o es bueno que haya dos? ¿Hay que permitir al usuario muchas posibilidades de configuración, como hace KDE, o reducirlas al máximo, como hace GNOME? Leyendo las discusiones parecerían bandos irreconciliables.
Sin embargo, la realidad es que ambos proyectos colaboran cada vez más en la compatibilidad entre ellos y, aunque no lo reconozcan, imitan lo mejor del rival. Dos ejemplos: